2000年9月，西藏自治区人民政府对自治区审计厅的职能、任务进行了明确。主要职责和任务是：
一、主要职责
（一）负责全区的审计工作，研究拟定地方性审计法规和审计事业发展规划、战略目标，确定工作重点，组织行业和专项资金审计。
（二）向自治区人民政府报告和向自治区有关部门通报审计情况。
（三）向自治区人民政府提交自治区预算执行情况的审计结果报告；受自治区人民政府委托，向自治区人大常委会提出本级预算执行情况和其它财政收支的审计工作报告。
（四）组织实施对贯彻国家及自治区财经方针、政策和宏观调控措施落实情况的行业审计、专项审计和审计调查。
（五）对地、市审计机构的审计执法情况进行检查监督，依法受理被审计单位对审计机关审计决定的复议申请；依法办理与审计机关及审计工作有关的其他法律事项。
（六）与地区（市）行署（政府）共同领导地、市级审计机关，协同办理地市级审计机关负责人的任免事项。
（七）组织实施对内部审计的指导与监督；监督社会审计组织的审计业务质量。
（八）组织开展全区审计系统的专业培训、审计科研和审计领域的区内外交流活动。
（九）承办自治区人民政府交办的其他事项。
二、主要任务
（一）审计自治区财政预算执行情况和其他财政收支。
（二）审计自治区各部门、事业单位及下属单位的财务收支。
（三）审计地、市行署、政府预算执行情况和决算。
（四）审计地方性非银行金融机构的资产、负债、损益状况。
（五）审计自治区部门管理的和受自治区人民政府委托由社会团体管理的社会保障基金、环境保护资金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支。
（六）审计自治区党政机关、企业等领导干部任期（离任）经济责任情况。
（七）审计国有企业以及国家控股的股份制企业的资产、负债、损益情况。
（八）审计国家及自治区建设项目、重点工程式和其他固定资产投资项目的预算执行情况和财务收支情况。
（九）审计其他法律、法规规定应由自治区审计厅进行的审计。
（十）对审计中发现的宏观管理方面的问题，进行专题审计，并向自治区人民政府反映情况，提出建议。
（十一）承办国家审计署授权、以及其他部门委托的审计事项。
