审计署审计科研所的研究方向是：以实证应用研究为主，兼顾审计理论的创新和发展；从适应国民经济宏观需要出发，研究审计工作的自身提高和为国民经济发展服务的途径；围绕审计署布置的中心工作，特别是财政审计、金融审计、企业审计工作，开展理论与实践相结合的审计研究。所内各室的主要职责是：1. 负责研究财政审计的基本理论和技术方法，研究税务、海关系统税收征管审计的特殊性，研究预算执行审计和地方决算审计，研究投资审计，参加署机关组织的有关财政等审计工作; 2. 负责研究金融审计的基本理论，研究中央银行、商业银行、政策性银行和证券、信托、保险等金融机构资产负债损益审计的技术方法，研究外资运用审计和农业专项资金审计，参加署机关组织的有关金融等审计工作;3. 负责研究企业财务收支审计的基础理论和基本方法，重点研究国有大中型企业和股份制企业审计问题，参加署机关组织的有关企业审计工作; 4. 负责收集、翻译国外有关审计理论和方法等方面的信息资料，在财政审计、金融审计、企业审计等领域分析、比较中外审计的不同做法，为审计实务人员提供参考资料，参加署机关组织的审计工作; 5. 负责全所的行政、后勤保障，各室的综合协调，以及所内人事管理、文件管理、财务管理、固定资产管理、保密、交通、对外交往等工作;6. 负责协助学会领导组织审计学术研究与交流，负责与地方审计学会的联系工作，办好《审计研究》与《审计研究资料》杂志，开展审计学术研究领域的国际合作。