我国地方审计机关实行双重领导体制，一是与我国的国家管理体制相适应的。我国实行单一制的国家结构形式，社会主义法制是统一的，一切地方性法规、规章都不得与宪法、法律、和行政法规相抵触。地方国家机关应接受中央的统一领导。在行政管理方面，国务院是国家最高行政机关，统一领导全国地方各级国家行政机关的工作。地方各级人民政府管理本行政区域内的行政工作，领导所属各工作部门和下级人民政府的工作。因此，地方各级政府设立的审计机关，在接受本级政府领导的同时，应接受上一级政府审计机关的领导。实行这一领导体制，同我国的财政管理体制也是适应的。二是符合建立社会主义市场经济体制，转变政府职能的现实要求的。党的十四大和十四届三中全会决定，建立社会主义市场经济体制、转变政府职能，合理划分中央与地方经济管理权限，发挥中央和地方两个积极性。审计监督也应与之相适应。同时，地方各级审计机关由本级人民政府设立，审计机关的人事、财务和日常管理工作由本级人民政府领导比较有利。上级审计机关掌握全局，能够把握审计工作的发展方向，审计业务以上级审计机关领导为主比较有利。三是强化审计监督的需要：一方面，地方各级政府了解本地经济发展情况，审计机关受本级政府领导，有利于加强对本级财政、财务收支的监督，解决本地财政经济管理中存在的问题，为本级政府服务。另一方面，地方各级审计机关向上一级审计机关负责并报告工作，接受上级审计的业务领导，能更加保障其依法独立行使审计监督权，发挥其在国家宏观经济管理中的作用，同时也有利于保障国家法制的统一和政令畅通。更好地维护国家财政经济秩序。

    国外审计机关之间的领导体制因各国情况不同而有差别。概括起来主要有以下几种情况：（1）只设国家一级审计机关，不设地方分支机构，如日本、奥地利、西班牙等。（2）国家设立最高审计机关，最高审计机关在地方和部门直接设置并管理若干派出机构，如美国、澳大利亚、巴基斯坦等。（3）联邦制国家，联邦和州分别设置审计机关，相互间没有领导关系，如美国、加拿大等。（4）国家最高审计机关对地方审计机关实行垂直领导，如菲律宾等。（5）地方审计机关受本级政府和上级审计机关的双重领导。如原匈牙利的各州人民监察委员会受中央人民监察委员会和同级地方政府的双重领导等。