为了充分、有效地发挥内部审计的作用，必须设置内部审计机构，恰当地配备审计人员，并使内部审计机构与审计人员有效地结合。一定的组织和合适的审计人员是开展内部审计工作的前提。
一、内部审计机构的设置原则
(一)独立性原则
尽管内部审计是相对独立的，但独立性是内部审计的基本特征，设立内部审计机构必须符合审计独立性的要求。无论是部门中的还是企业单位中的内部审计机构，都必须保持其组织上和业务上的独立性。既不能把内部审计机构附设在财务部门中，也不能附设在其他职能部门中，否则，就丧失了它的独立性，就难以客观公正地进行审计。独立性是内部审计机构设置的前提要求。
(二)专职高效原则
所谓专职，是指内部审计部门及人员应该是专门从事审计工作的机构和人员，它完全置身于其他具体的业务活动之外。所谓高效，是指内部审计机构的设置应该精干，因事纳人。专职高效是内部审计机构设置的基本要求。
(三)权威性原则
只有具有一定的权威，才能顺利开展内部审计工作。审计署在《关于内部审计工作的规定》中指出，内部审计是国家授予的权力，部门、单位在设立内部审计机构时，应就内部审计的职责和权限作出明确规定，并强调内部审计的权威性，以利于工作的进行。内部审计机构自身也要通过审计成果的科学性来增强其权威性。
二、内部审计机构的设置方式
内部审计机构的设置应遵守前述原则，并结合部门、单位的组织管理体系等具体情况予以设置。一般而言，内部审计机构的设置采取分级管理和集中管理两种方式。
(一)分级管理方式
所谓分级管理方式，是指按照部门、单位的组织级次设置审计机构，一级组织相应设置一级审计机构；部门、单位本级的审计机构对下属各内部审计机构进行统一指导，下属审计机构独立行使职权。分级管理的方式可使内部审计人员熟悉各自单位的环境和情况，使审计有较强的针对性和及时性；但也会使内部审计机构过于庞大，内部审计人员会受到所在单位负责人的一定约束，独立性程度相对较差。
(二)集中管理方式
所谓集中管理方式，是指只在本部门、本单位最高层次设置内部审计机构，在下属基层不专门设置内部审计机构，由专门派出的审计人员对下属单位进行审计。在这种设置方式下，派出人员对下属单位具有较高的权威，其独立性程度也较高。但要求加强审计的计划性，在了解下属单位的实际情况之后，再开展工作。
实际上，分级管理与集中管理也不是截然分开的，内部审计机构的设置可根据企业的特点灵活选择。如一些特大型的企业，或是下属单位众多的部门，就宜采用分级管理的形式；如有必要，也可在部门内对一些较小的下属机构，实行集中管理。对一些规模不大的企业事业单位，可根据需要，或者设置内部审计机构，或者不设内部审计机构而配备专职人员；对一些专题审计项目，还可聘请临时性的审计人员进行审计。
三、内部审计机构的组织方式
内部审计的组织机构设置，主要有三种情况：第一种是受本单位董事会或董事会所设的审计委员会的领导，内部审计人员不受企业经营管理部门的约束；第二种是受本单位最高管理者直接领导；第三种是受本单位总会计师的领导。目前，我国的内部审计机构，由本部门、本单位负责人直接领导，并应接受国家审计机关和上级主管部门内部审计机构的指导和监督。
西方国家的企业则普遍成立审计委员会进行内部审计监督。我国审计署在1992年1月31日颁发的《内部审计发展规划》中，把在大中型企业中建立审计委员会作为内部审计发展的主要目标。下面对外国的审计委员会作一简单介绍。
(一)审计委员会的组织形式
审计委员会的组织形式，在美国、加拿大都按法定要求设立，在英国没有法定要求，但设置非常普遍。早在20世纪40年代，美国证券交易委员会和纽约证券交易所就建议在股票上市公司中成立审计委员会，但是只有极个别公司设置了这个组织。1973年，美国证券交易委员会要求在各股票上市公司内必须成立由董事会领导的审计委员会。1977年，美国证券交易所硬性要求每一个股票上市公司，必须最迟在1978年6月30日前建立一个完全独立于管理部门的由董事会组成的审计委员会，以便于进行内部审计监督。国际内部审计师协会也建议每一个股份公司及其他组织(包括非盈利企业和政府部门)设立审计委员会。
在不同的企业和部门，审计委员会的组织形式及与各方面的关系往往有所区别，但也有一些共性：审计委员会通常是董事会的一个常设委员会，一般由董事会聘请非执行董事约3�8人组成，成员大多是来自企业界的具有财务知识的人员，也有一定数量的其他专业人员(如法律、工程技术人员等)，有些公司还聘请一些社会代表人物参加。
(二)审计委员的基本职责
国外内部审计委员会的基本职责主要有：
1.负责任命内部审计负责人；
2.检查内部审计部门的职责要求、目标及有关内部审计的政策；
3.聘请外部注册会计师进行审计；
4.审查内部审计部门的年度工作计划；
5.对企业关系重大的审计项目进行审议；
6.定期与内部审计部门负责人会面并交换意见；
7.向董事会报告工作，并与董事会随时保持联系。
(三)审计委员会与内部审计部门的关系
审计委员会是内部审计部门的直接领导，负责任命内部审计部门的负责人，审定内部审计工作计划；一些与企业关系重大的审计项目，要经审计委员会审议通过。内部审计部门负责人要与委员会保持直接联系，出席审计委员会的会议，定期向审计委员会报告工作和交换审计意见。由于审计委员会与董事会直接联系，这就为董事会与内部审计部门之间提供了沟通的渠道，有利于内部审计作用的发挥。
四、内部审计机构的职权
根据我国审计署《关于内部审计工作的规定》以及国际内部审计师协会《内部审计从业准则》的有关内容，内部审计机构一般有以下几项主要职权：
1.根据内部审计工作的需要，要求有关单位按时报送计划、预算、报表和有关文件、资料等。
2.审核凭证、帐表、决算，检查资金和财产，检测财务会计软件，查阅有关文件和资料。
3.审核成本管理情况，检测成本管理软件。
4.对审计涉及的有关事项进行调查，并索取有关文件、资料等证明材料。
5.对正在进行的严重违反财经法规、严重损失浪费的行为，经部门或者单位负责人同意，作出临时制止决定。
6.对阻挠、妨碍审计工作以及拒绝提供有关资料的，经单位领导人批准，可以采取必要的临时措施，并提出追究有关人员责任的建议。
7.检查管理工作及经济效益的情况，提出改进管理、提高经济效益的建议。
8.检查财经法规的遵守情况，提出纠正、处理违反财经法规行为的意见。
9.对严重违反财经法规和造成严重损失浪费的直接责任人员，提出处理建议，并按有关规定，向上级内部审计机构或审计机关反映。
此外，部门、单位的负责人，还可以在管理权限范围内，授予内部审计机构以经济处理、处罚的权限。
为保证内部审计机构职权的有效行使，内部审计机构应对其职权的行使情况，定期以专题报告的形式进行总结、评价，并向高层管理部门通报。
