中央支农专项资金种类多、规模大、涉及面广、资金链条长，这些都给管理工作带来了很多困难。审计署驻兰州特派办近期对甘肃省中央支农专项资金进行了审计调查，调查结果显示，甘肃省各市（州）、各部门在加强中央支农专项资金管理，提高资金使用效益等方面积极采取措施，做了大量工作，管理工作逐步加强，挤占挪用等违规问题明显少于前几年。

    一是各级政府和有关部门高度重视支农资金的管理，加强领导，建立责任制，加强项目资金申报工作，如：小麦良种补贴、农机具购置等9项补贴，及时下发了申报立项指南，按照自下而上、逐级上报的程序认真筛选，上报项目。对上报中央的项目严格实行了项目申报标准文本和专家评审制度。

    二是加强建章立制工作，做到制度健全。甘肃省财政厅及有关部门制定下发了《甘肃省农业产业化专项资金项目管理办法》、《甘肃省财政扶贫资金报账制管理办法》等9项资金管理办法，有效地促进了各项资金管理的制度化、规范化。

    三是积极探索支农专项资金的整合，努力发挥资金的整体合力。2006年，全省开展了支农专项资金整合试点工作，各地区根据当地的条件和特点，采取不同方式，以县为主推进支农专项资金整合，以县域经济的发展目标确定支农专项资金的重点投向，并修订完善了各项管理制度。如：定西市安定区坚持从实际出发，在全区农业和农村总体发展、优势产业和重点区域开发、新农村建设等方面，整合支农资金。

    四是加大了支农资金监督检查力度。甘肃省下发了《关于开展财政农业专项资金专项检查的通知》，对89个农业专项资金进行了重点抽查，针对查出的问题，制定了实施方案，完善了管理办法，规范了工作程序，提高了资金使用的安全性和有效性。