据审计署组织对对16个省（区）2006年中央支农专项资金的审计调查，中央支农专项资金已成为基层政府解决“三农”问题的重要资金来源，有力地促进了新农村建设。但从审计调查发现的情况看，由于资金投向分散、管理和分配层次多，一定程度上影响了中央支农专项资金效益的发挥。

     一是资金总体尚未有效统筹和整合。目前，从中央到省、市、县，都有20个左右的部门参与资金分配和管理，每个部门负责分配数量不等的专项资金，导致多头管理，多渠道分配，项目点多面广、资金比较分散，相当一部分存在交叉重复。审计调查涉及的50个县收到的按项目管理的23.8亿元支农专项资金，分散投向了4.5万个实施项目。这种状况使得地方很难根据实际集中财力解决突出问题。

    二是项目管理和资金分配层次多、链条长，影响项目执行进度。目前，中央支农专项资金分配大多采取层层上报项目，再由中央、省有关部门选择确定并直接分配到具体项目的工作机制，导致申报时间长、资金拨付迟缓、项目执行进度滞后，有的支农项目未能在当年组织实施。

    此外，审计调查还发现一些地方仍存在挤占挪用专项资金的问题。抽查的50个县2006年挤占挪用1.25亿元，主要用于平衡预算、弥补行政经费等。

    国务院已责成财政部、农业部、发展改革委等部门和有关地方政府采取措施，认真整改审计调查发现的问题。有关地方和部门已就追缴资金、追究责任、完善制度、加强管理等方面提出了具体整改意见。

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