我国审计机关从成立初期就开始了对资源环境审计的探索。近三十年来，资源环境审计工作从无到有，先后经历了起步、探索、发展三个阶段。
    一、起步阶段(1983至1997年)
    这一阶段尚未明确提出“资源环境审计”的概念，但审计机关从成立的初期开始，就开始了对资源环境审计的试点，这一时期的资源环境审计主要围绕各类环境保护资金和项目展开。
    二、探索阶段（1998年至2002年）
    审计署在1998年设立了农业与资源环保审计司，负责组织开展资源环境审计工作。各地方审计机关也都陆续成立了相应的机构。农业与资源环保审计司的成立，标志着我国资源环境审计新阶段的开始。
    在这一阶段，审计署主要从促进环境污染治理和生态环境保护两个方面，组织开展了多项环境审计。
    2000年，中国审计长当选为亚洲审计组织环境审计委员会主席。2002年，审计署当选为世界审计组织环境审计委员会执委会15个成员单位之一。中国资源环境审计的国际交流活动逐步活跃。
    三、发展阶段（2003年至今）
    2003年，审计署成立了环境审计协调领导机构，组织各专业审计从资源环境视角开展相关行业审计。资源环境审计呈现出多元化的态势，逐渐成为一项综合性、系统性的工作。
    在这一阶段，审计署积极开展资源环境审计实践，审计的领域从生态环境审计，逐步拓展到土地资源、矿产资源、水环境、大气污染、工程建设环保审计。
    2008年审计署出台审计工作五年发展规划，明确将资源环境审计列为六大审计类型之一，并提出着力构建符合我国国情的资源环境审计模式。为了更好地服务经济社会和资源环境工作大局，促进资源环境审计深入发展，2009年审计署发布了《审计署关于加强资源环境审计工作的意见》，指导全国各级审计机关积极开展资源环境审计实践。
    

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