行政事业单位实行会计集中核算后，对加强行政事业单位会计核算和会计监督，规范财务收支行为，管好用好财政资金，防止腐败行为等方面具有积极的现实意义。但同时，也存在其局限性和不够完善的地方，主要表现在会计核算中心，是一个“核算”的中心，而不是一个会计中心，不能真正发挥起会计监督的作用，只具备集中核算的职能。会计核算中心难以对统管单位的财务收支实施全方位、全过程的会计监督，如支出的合理性难以控制，发票的真实性难以把握，收入游离于会计核算中心统管账的体外；加之会计核算中心较注重财政资金规范运作，而对资产的管理相对滞后，特别是在固定资产的后续控制上，会计核算与财产物资管理相脱节，结果造成会计信息质量难以提高等，归纳起来有以下几点：

       1、部分收入得不到有效监管。
       目前会计中心重点监管支出，对各单位的收入监管难以介入。一是由于行政事业性收费实行“票款分离”的办法，按规定收费收入直接缴入国库收入户（或财政专户），与会计核算中心不发生任何关系，单位自己建立台账，会计核算中心不作账务处理。由于收支分账管理，在是否违规收费收取、是否应收尽收的方面，会计核算中心缺乏监督。二是由于有些单位将应收的管理费、租金、投资分红等收入不纳入会计核算中心，“下沉”到所属二、三级单位或协会、学会等社团组织，直接在对方单位列支费用。也有些单位将租金或其他渠道取得的收入不纳入核算范围，或另设账外账、私设“小金库”等，特别是对一些非正常收入或非经常性收入，会计核算中心难以监督。

        2、资金使用效果得不到有效监管。
        会计核算中心主要负责大量的会计核算，并未直接参与部门内部职能机构工作。因此会计核算中心对每个单位的专项经费究竟“专项”在哪里，财政部门安排该项经费的政策目的是什么等情况，不能全面掌握。由于不参与具体的经济活动，不了解经济活动的具体情况，对资金拨出后用款单位如何使用、使用效果如何等难以控制，出现专项资金“跑”“冒”“滴”“漏”，支出效率不高等问题，会计核算中心也不能全面把关。  
      
         3、资产得不到有效监管。
         会计核算中心目前只进行财务核算不进行实物清查，必然导致会计信息的失真。一是固定资产，会计核算中心只核算总账科目或一级明细账，明细台账仍由单位报账会计登记，财产物资仍由报账单位进行管理。有些单位固定资产总账、明细账与明细台账不符，账实不符，家底不清。经费使用部门只是强调财政资金规范运作，而忽略资产的管理，特别是缺乏固定资产的后续控制，资产流失现象时有发生。二是暂付款等往来款账户，会计核算中心只设总账和较笼统的明细账，对何时应收应付、应收应付多少顾及很少，造成往来款项长期挂账，或应收应付多边挂账，或未及时结算冲销等情况，出现损失的现象也时有发生。

         4、经济业务的真实合法性得不到有效监管。
        会计核算中心一人管几个甚至十多个单位的账，大厅式的工作模式，会计人员与单位具体的财务收支等经济业务活动的脱节，一定程度上的机械性，失去了实地实时监督的优势。单位处理经济业务和报账时，为迎合会计核算中心的要求，较为注重发票的规范及报销审批手续。而会计核算中心也主要审查单位报账发票的手续是否完备，票据是否规范合法，却无法对单位原始凭证所反映的经济事项的真实性进行监督，往往只注重形式上的合法，忽视或难以把握经济活动、财务收支的真实性，难免导致会计信息在源头上的失真。

        针对目前会计集中核算存在的缺陷，结合国家对行政事业单位审计的要求和发展趋势，审计机关应及时采取有效措施，对行政单位审计的内容、重点、方式、方法等要根据实际情况进行调整。
       
        1、及时调整审计内容及重点
        在对被审单位内控制度的建立执行情况，各项收入的真实完整性，各项支出的合规合法性，债权债务的真实性，资产的核算管理情况等审计的同时，还应扩大到会计核算中心会计监督未涉及和不能到位的部分：
       （1）行政性收费的合规合法性。对涉及收费的行政事业单位，要从收费票据的领、用、管等环节入手，认真查阅文件、收费许可证、使用中的票据和票据存根等有关资料，审查行政性收费的依据、主体、收费标准是否合法合规，收费收缴是否及时足额上缴国库或财政专户。
       （2）收入的完整性。主要审查收入来源是否全部入账，有无将收入不及时报账、漏报、少报或不报账，形成单位“小金库”；延伸审查协会、学会或二、三级单位，分析其收入性质，判断是否存在转移收入的问题。
       （3）支出的真实合理性。要通过对被审单位上下年度之间经费支出的纵向比较，以及部门与部门之间的横向对比，分析行政事业支出结构是否合理，是否体现公共财政的要求。同时联系被审单位的经济业务，分析判断其支出的真实性。
       （4）资金的使用效益。重点应检查社会关注的各项专项资金管理使用的经济效益和社会效益，从项目安排、资金拨付、使用管理和效果等方面进行跟踪审计，看有无挤占、挪用、损失、浪费现象。
       （5）资产的安全完整性。要针对资产账实分开核算管理的薄弱环节，重点审查资产的保管制度是否建立健全，购入、验收、领用各环节是否有恰当的记录，资产使用人的责任是否明确，是否做到定期或不定期清查，账账、账实是否相符等。
       （6）会计核算中心负责的会计核算、会计监督等有关内部管理制度是否严密有效，会计监督工作是否规范合理，是否符合国家统一会计制度的规定，坚持按制度办事，按规定标准核定收支等审计内容。

         2、积极改进审计程序与方法
       （1）在审计程序上，从审前调查、下达审计通知书开始，除了与被审单位联系外，还要注意与会计核算中心的协调衔接，需要会计核算中心提供真实确切的财务资料；审计结束后，对查出的问题既要听取核算中心的意见，也要提请核算中心在今后的工作中予以关注，共同促进被审单位自觉遵守财经纪律。
       （2）在审计实施过程中，要改看“一本账”为“两本账”甚至“多本账”。由于现行核算管理模式中，会计核算中心未介入收费收入核算、财产清查等事项，其账面无法全面反映被审单位的经济业务活动，故在审计中，除了审查核算中心提供的账套外，还应审查收费收缴户（财政专户）的账套，以及被审单位自己备用的备查账、明细台账等，注意几本账之间的相互联系，进行分析判断，避免监管死角中出现的舞弊现象。
       （3）在延伸审计上多花时间精力。实行会计集中核算后，统一了支出标准，严格了报销手续，原先一些福利待遇相对比较优厚的单位，为逃避会计核算中心的监督，往往把一些比较特殊的非常规的隐性收入转移到下属单位或协会、学会核算使用。故在审计实施过程中要更重视延伸审计，增加延伸的工作量及工作力度，以减少审计风险。
       （4）要积极推广计算机辅助审计。会计集中核算后，其会计制度、财务管理制度、费用开支标准都具有高度的统一性，账面报销的原始凭证均经过较为严格的审核，票据的合规合法性难以从表面上进行判断，特别是其真实性更难认定，审计人员必须通过横向、纵向的大量财务数据的分析对比，才能对其支出的合理性作出专业判断，才能发现疑点，进行跟踪延伸审计。纵向横向对比最有效的方法是借助计算机。审计部门要充分利用集中核算的优势，同有关部门协商，将机关局域网与会计核算中心局域网连接，以节约审计成本，提高审计效率。