十七大以来，党中央、国务院把环境保护摆上更加突出的位置，把建设资源节约型、环境友好型社会作为加快转变经济发展方式的重要着力点。审计署为全面贯彻落实科学发展观，进一步加大了资源环境审计工作力度，2008年将“资源环境审计”作为中国政府六大审计类型之一予以强化；2009年，审计署印发了《加强资源环境审计工作的意见》，进一步明确了今后资源环境审计工作的指导思想、主要任务、发展目标和具体举措，要求各级审计机关充分认识资源环境审计的重要性和紧迫性，积极开展工作。
农业与资源环保审计司最近几年组织实施的资源环境审计项目，在促进国家资源环保政策的贯彻落实、维护国家财经法纪、提高资金使用效益和效果、保障资源环境安全、督促地方政府积极履行职责加大资源管理和环境保护力度、促进转变经济发展方式等方面发挥了积极作用，充分发挥了资源环境审计保障国家经济社会健康运行的“免疫系统”功能和推动国家治理作用。
一是严肃查处重大违法违规问题，保证国家资源环境专项资金管理使用安全和完整。农业与资源环保审计司始终坚持以真实性、合法性审计为基础，不断加大查处重大违法违规和经济犯罪问题的力度，促进反腐倡廉建设，强化对权力的监督与制约。严肃查处重大违法违规问题，并向有关部门移交了相关线索，责任人员被严肃处理或受到法律制裁。这些大案要案的查处，严肃了财经法纪，起到了惩戒和警示作用，也保证了资源环境专项资金使用管理的安全和完整。
二是揭示资源节约利用和环境保护领域存在的突出问题，督促有关地方政府和部门严格执行政策法规，提高资源环境管理水平。农业与资源环保审计司注重对国家资源环境政策和措施贯彻落实情况进行审计，促使地方政府及有关部门或单位认真执行政策法规，提高国家有关政策法规的执行效果和管理水平。如在2010年黄河流域水污染防治与水资源保护审计调查中，审计反映了黄河流域河道被乱占的问题。审计结果公告后，中央电视台《焦点访谈》和《新闻调查》栏目对公告反映的24个建设项目违规占用河道的问题以“被蚕食的母亲河”为专题进行了跟踪报道。水利部及黄河水利委员会先后成立10个调查组赴各地督促整改。目前，据水利部的整改报告反映，22个项目已完成整改并通过验收，2个项目在整改中。在审计的大力推动和水利部门的重拳整改以及中央媒体的舆论监督共同作用下，黄河流域乱占河道的行为得到初步遏制，特别是“河道不侵占”被黄河水利委员会正式列入今后黄河治理的五大目标之一。
三是完善资源管理和环境保护的体制、机制和制度建设，为制定和完善资源环境保护政策法规提供参考依据，维护国家资源环境安全。农业与资源环保审计司注重从体制、机制、制度层面发现和分析研究问题，提出审计意见和建议，维护我国资源环境安全。在近年组织实施的资源环境审计项目中，向国务院和有关部委报送了91篇审计报告和信息。这些报告和重要审计信息大部分得到国家领导人的重要批示，也引起了主管部门的高度重视，成为制定和调整相关政策的重要依据和参考，据此出台、修改、完善多项资源环境管理方面的政策法规。如在2009年开展的矿产资源专项审计调查中，组织上报了有关稀土资源开发利用的信息，多位国家领导人做了批示，工业和信息化部、发展改革委等12个部委贯彻落实国务院领导对稀土信息批示的要求，出台了控制总量、调整指标、强化出口配额管理等一系列制度措施，增强了我国稀土产业在国际市场的竞争力和话语权，为我国稀有矿产资源的保护、开发和利用发挥了重要作用。
面对经济发展和环境保护的新形势，资源环境审计进入了全新的发展时期，既面临新的发展机遇，也面临一些挑战和困难。农业与资源环保审计司将进一步加强对科学审计理念的学习，认真领会精神实质，深入研究我国资源环境工作的形势和任务，扎实推进资源环境审计工作，更好发挥资源环境审计保障国家经济社会健康运行的“免疫系统”功能。
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