此次共审计55个中央部门，延伸审计285个所属单位。2008年，这55个中央部门共收到财政拨款3451.66亿元，占中央财政本级支出的26%。审计财政拨款1159.58亿元，其中：部门本级859.03亿元，占这些部门本级财政拨款总额的95%；所属单位300.55亿元，占这些部门所属单位财政拨款总额的12%。
    从审计情况看，中央部门2008年预算执行情况总体较好。一是执行预算比较严格。有98%的财政拨款预算得到及时足额批复，财政拨款支出完成预算的97%，在中央部门公用经费预算统一削减5%的基础上，44个部门公用经费实际支出控制在预算之内。二是内部管理不断完善。7个部门建立了预算内部公开制度，大部分部门探索试行了项目绩效考评制度，有的部门扩大了财务联网集中核算范围，有的开展了所属单位领导人员经济责任审计。三是依法理财和预算观念得到加强。审计发现的违法违规问题呈下降趋势，今年预算执行审计查出的违规问题金额占审计财政拨款额的比重比去年下降了3.2个百分点；44个部门还制定和完善规章制度153项，预算管理的规范化程度不断提高。
    这次审计发现违规问题40.5亿元，损失浪费问题4.67亿元，分别占审计财政拨款额的3.5%和0.4%。
    此外，由于部门工作任务确定时间往往晚于部门预算编报时间，部门工作安排与部门预算安排不能很好地衔接，导致部分部门预算年初难以细化到具体项目和单位，影响部门预算编制的准确性和完整性。如教育部、审计署等15个部门本级年初预算有103.92亿元未细化；科技部、新华社等29个部门本级动用的以前年度财政拨款结余等45.81亿元未编入部门预算。
    对上述问题，国务院已责成有关部门采取有效措施认真整改，并完善相关制度。各部门认真贯彻落实中央关于党政机关厉行节约及开展“小金库”专项治理工作等规定积极整改，在审计过程中已纠正各类问题14.72亿元，制订了86条整改措施，12个部门成立了会议费清查小组，5个部门已对有关人员给予政纪处分。部门决算（草案）审计发现的问题，相关单位已按照审计长签署的意见在财政部批复决算前予以纠正。

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